Пример

public static void main( String[] args ) {
Boolean[] bool = new Boolean[ args.length ];
for ( int i = 0; i < bool.length; i++ ) {
bool[ i ] = new Boolean( "true".equals( args[ i ] ) );
}
}

Исправление
Используйте Boolean.TRUE и Boolean.FALSE.
  1. Замените 'new Boolean( value )' на 'Boolean.valueOf( value )'

public static void main( String[] args ) {
Boolean[] bool = new Boolean[ args.length ];
for ( int i = 0; i < bool.length; i++ ) {
bool[ i ] = Boolean.valueOf( args[ i ] );
}
}