Ejemplo

public static void main( String[] args ) {
if ( args.length > 3 ) {
System.out.println( "More than 3" ); //$NON-NLS-1$
if ( args[ 0 ].startsWith( "a" ) ) { //$NON-NLS-1$
System.out.println( "Starts with a" ); //$NON-NLS-1$
if ( args[ 1 ].endsWith( "z" ) ) { //$NON-NLS-1$
System.out.println( "Ends with z"); //$NON-NLS-1$
}
}
}
}

Solución
Invierta la condición y añada una sentencia return.
La solución siguiente se trata en Refactoring, por Martin Fowler.
  1. Invierta la condición de la sentencia if más externa.
  2. Añada una sentencia return bajo la sentencia if.
  3. Repita estos pasos hasta que ya no haya más sentencias if profundamente anidadas.

public static void main( String[] args ) {
if ( args.length <= 3 ) {
return ;
}

System.out.println( "More than 3" ); //$NON-NLS-1$

if ( !args[ 0 ].startsWith( "a" ) ) { //$NON-NLS-1$
return ;
}

System.out.println( "Starts with a" ); //$NON-NLS-1$

if ( args[ 1 ].endsWith( "z" ) ) { //$NON-NLS-1$
System.out.println( "Ends with z" ); //$NON-NLS-1$
}

}