Пример

public static void main(String[] args){
// Предполагается кодировка ISO-8859-1 и содержимое файла в UTF-16BE
FileReader fileReader = null;
try {
fileReader = new java.io.FileReader( "file1" ); //$NON-NLS-1$
System.out.println( fileReader.read() );
} catch ( IOException e ) {
e.printStackTrace();
}
}



Решение
Для указания кодировки создайте InputStreamReader с CharsetDecoder для FileInputStream.

public static void main(String[] args){
// Предполагается кодировка ISO-8859-1 и содержимое файла в UTF-16BE
InputStreamReader reader = null;
try {
reader = new InputStreamReader( new FileInputStream("file1"), "UTF-16BE");
System.out.println( reader.read() );
} catch ( IOException e ) {
e.printStackTrace();
}

}