Пример

public class ClassA {
String s1;
String s2;
public void methodA() {

if (s1.indexOf(s2)>0){
// ...
}
}

}
Исправление
При проверке возвращаемого значения indexOf на положительность на самом деле выполняется проверка вхождения строки-аргумента без первого символа в строку вызывающего метода. В результате, если s1 равно s2, то вызов indexOf вернет 0. Скорее всего, проверка должна быть такой: s1.indexOf(s2) >= 0.


public class ClassA {
String s1;
String s2;
public void methodA() {

if (s1.indexOf(s2)>=0){
// ...
}
}

}