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public static void main( String[] args ) {
javax.mail.internet.MimeMessage mm = new javax.mail.internet.MimeMessage(javax.mail.Session.getInstance(new java.util.Properties()));
try {
mm.setDescription( args[ 0 ] );
byte[] description = mm.getDescription().getBytes();
java.io.FileOutputStream out = new java.io.FileOutputStream("Rule.html", true); //$NON-NLS-1$
out.write(description);
}catch (Exception e){
e.printStackTrace();
System.out.println(e.getMessage());
}
}

解決策
以下を使用します。
javax.mail.internet.MimeBodyPart.setDescription (java.lang.String, java.lang.String)
指定のユニコード・ストリングは、指定した文字セットを使用してエンコードされます。
指定した文字セットは、ストリング中のすべての文字をサポートしている必要があります。
ストリングの言語が不明の場合は、UTF-8 を使用します。

public static void main(String[] args) {
String text = args[0];
String charset = args[1];
javax.mail.internet.MimeMessage mm = new javax.mail.internet.MimeMessage(
java.mail.Session.getInstance(new java.util.Properties()));

try {
mm.setDescription(text, charset);
byte[] description = mm.getDescription().getBytes("UTF-8"); //$NON-NLS-1$
java.io.FileOutputStream out = new java.io.FileOutputStream(
"Rule185-2.html", true); //$NON-NLS-1$
out.write(description);
} catch (Exception e) {
System.out.println(e.toString());
}
}