サンプル

public static void main(String[] args) {
if ( args.length > 2 ) {
File f = new File( args[ 0 ] + "/" + args[ 1 ] ); //$NON-NLS-1$
System.out.println( f.getAbsolutePath() );
}
}

解決策
代わりに java.io.File.separator を使用します。

public static void main(String[] args) {
if ( args.length > 2 ) {
File f = new File( args[ 0 ] + File.separator + args[ 1 ] );
System.out.println( f.getAbsolutePath() );
}
}